Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor 21 Tahun 2024 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Kesehatan, Sekretariat Direktorat Jenderal Farmasi dan Alat Kesehatan mempunyai tugas melaksanakan koordinasi pelaksanaan tugas dan pemberian dukungan administrasi Direktorat Jenderal.

Dalam melaksanakan tugas tersebut, Sekretariat Direktorat Jenderal Farmasi dan Alat Kesehatan menyelenggarakan fungsi:

1. Koordinasi dan penyusunan rencana, program, kegiatan, dan anggaran Direktorat Jenderal;
2. Pengelolaan dan penyusunan laporan keuangan Direktorat Jenderal;
3. Pengelolaan dan penyusunan laporan barang milik/kekayaan negara Direktorat Jenderal;
4. Fasilitasi pelaksanaan pengelolaan satuan kerja badan layanan umum;
5. Koordinasi dan pelaksanaan manajemen risiko di lingkungan Direktorat Jenderal;
6. Penyusunan peraturan perundang-undangan dan produk hukum lain Direktorat Jenderal;
7. Penyusunan rumusan perjanjian kerja sama Direktorat Jenderal;
8. Pelaksanaan advokasi hukum Direktorat Jenderal;
9. Koordinasi dan fasilitasi administrasi pengawasan dan penyidikan pelaksanaan kebijakan di bidang farmasi dan alat kesehatan;
10. Penataan dan evaluasi organisasi dan tata laksana Direktorat Jenderal;
11. Fasilitasi pelaksanaan reformasi birokrasi Direktorat Jenderal;
12. Pengelolaan sumber daya manusia Direktorat Jenderal;
13. Pengelolaan hubungan masyarakat Direktorat Jenderal;
14. Pengelolaan data dan sistem informasi Direktorat Jenderal;
15. Pemantauan, analisis, evaluasi, dan pelaporan; dan
16. Pelaksanaan urusan administrasi Sekretariat Direktorat Jenderal.